Estrutura Proteica

 

As atividades que vimos nos outros tópicos acerca do comportamento de diferentes compostos em água nos trazem uma luz sobre como o ambiente que cerca determinada substância pode influenciar em seu comportamento.

Podemos ver isso, por exemplo, no caso das proteínas. Sabemos que proteínas são macromoléculas formadas basicamente por um conjunto de aminoácidos podendo ainda conter outros grupos químicos (grupos prostéticos) que não são aminoácidos em sua estrutura. De fato, algumas proteínas possuem um número tão grande de átomos que se não sofressem um processo conhecido como enovelamento não caberiam em uma célula e não poderiam exercer suas funções, já que esse enovelamento ainda permite a formação do que conhecemos como sítios ativos que abordaremos mais à frente. Para que as proteínas assumam sua forma tridimensional totalmente enovelada, naturalmente elas passam pelo que podemos chamar de etapas. À medida que cada resíduo de aminoácido se une covalentemente à outro resíduo temos a formação da estrutura primária, que corresponde à seqüência de aminoácidos unidos por ligações peptídicas, incluindo as ligações dissulfeto. Ao passo que essa cadeia aumenta, interações podem ocorrer entre essas cadeias levando à segunda parte do processo de enovelamento que é o surgimento de α-hélices e β-folhas. A medida que são formadas várias α-hélices e/ou β-folhas a proteína vai sofrendo dobramentos e uma assume uma estrutura tridimensional, o que chamamos de estrutura terciária. Se essa proteína ainda possui duas ou mais subunidades peptídicas obtemos uma estrutura quaternária.

Agora que relembramos um pouco, vamos visualizar uma proteína e verificar essas estruturas mencionadas. Nesse contexto possuímos uma ferramenta muito útil para o trabalho com proteínas através de ferramentas computacionais: o site RCSB Protein Data Bank. Esse site permite que obtenhamos arquivos .pdb de diversas proteínas. Então vamos começar baixando o arquivo de nossa proteína no site. Você notará que logo na página inicial encontramos um campo para pesquisa. Digite o nome da proteína desejada em inglês e clique em Go.

Nessa atividade começaremos observando a estrutura de uma mioglobina, primeiro marco na compreensão da estrutura tridimensional de uma proteína globular. Digite myoglibin. Note que mesmo antes de clicar em Go o site lista diversos arquivos relacionados à palavra chave inserida. Vamos clicar na primeira Myoglobin listada. Nessa página você verá diversos arquivos relacionados à variados artigos. Vamos baixar o arquivo ".pdb" da mioglobina do primeiro artigo “ A esterioquímica da proteína mioglobina”. Para isso clique em Download PDB File logo abaixo de 1MBN. Vamos abrir esse arquivos em diferentes programas para visualização.

Primeiramente vamos abri-los usando o VMD. No terminal digite VMD e pressione Enter. Na barra de tarefas, clique em File, New Molecule. Surgirá uma nova janela.