BIOINFORMÁTICA PRÁTICA EM MODELAGEM MOLECULAR
Programas
AVOGRADO
Avogadro é um editor molecular projetado para utilização de multiplataforma em Química computacional, Modelagem molecular, Bioinformática, Ciência dos materiais e áreas afins. Disponível para Windows, Linux e Mac OS X.
BARRA DE TAREFAS
Veja algumas das opções que encontra aqui:
- Criar moléculas
- Abrir moléculas prontas
- Adicionar ou retirar hidrogênios
- Ver e inverter a quiralidade da molécula
- Entre outros...
REPRESENTAÇÕES
Aqui você escolhe qual a representação de suas moléculas, como por exemplo: Bastão e bola, van der walls, cartoons, entre outras.
CONFIGURAÇÃO DE DESENHO
Aqui você pode testar, por exemplo:
- Criar moléculas
- Inverter elementos
- Colocar ligações simples, duplas ou triplas
JANELA DE VISUALIZAÇÃO
Na tela preta ao fundo, está a janela de visualização, onde são exibidas as moléculas e suas simulações
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
VMD
O VMD, Visual Molecular Dynamics, é um software gratuito disponível para MacOS X, Linux e Windows, facilmente baixado pela internet. O VMD permite modelar, exibir e criar e analisar simulações de dinâmica molecular de sistemas biológicos como proteínas, ácidos nucleicos, montagens bicamada lipídica, etc. Ele também pode ler arquivos do PDB(Protein Dada Bank, um banco de dados de proteínas e ácidos nucleicos.
É um programa de interface simples, que pode ser usado tanto por alunos como professores para facilitar a compreensão de determinadas interações químicas por meio de sua representação visual.
Além de visualizar essas interações o programa permite observar as moléculas em suas mais variadas formas, como representações em α-hélice e β-folha, bastão e bola, Van der Walls entre outras, sendo todas em 3D.
Em geral esse programa é usado concomitante com outros para gerar simulações por determinado período de tempo, como por exemplo o NAMD e o AMBER, de acordo com o tipo de campo de força mais apropriado para cada tipo de simulação.
BARRA DE TAREFAS
Aqui podemos selecionar os mais variados comandos de acordo com a necessidade. Veja algumas coisas que podemos fazer neste campo:
- Criar moléculas
- Carregar moléculas prontas
- Mudar a visualização quanto ao formato e/ou a cor
- Solvatar e ionizar meios
- Gerar gráficos de análises do sistema
E ainda diversas funções.
BARRA MULTIMÍDIA
Permite exibir a simulação, seja apenas pelo tempo que foi gerada ou indefinidamente.
JANELA DE VIZUALIZAÇÃO
Na tela preta ao fundo, está a janela de visualização, onde são exibidas as moléculas e suas simulações.
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
PYMOL
PyMOL é um sistema de visualização molecular patrocinado pelo usuário criado por Warren Lyford DeLano e comercializado inicialmente por DeLano Scientific LLC, que era uma empresa de software privada dedicada à criação de ferramentas úteis que tornaram universalmente acessíveis às comunidades científicas e educacionais.
PyMOL pode produzir imagens 3D de alta qualidade de pequenas moléculas e as macromoléculas biológicas, tais como proteínas. De acordo com o autor original, quase um quarto de todas as imagens publicadas de estruturas de proteínas em 3D na literatura científica foram feitas utilizando PyMOL.
PyMOL é uma das poucas ferramentas de visualização de código aberto disponíveis para uso em biologia estrutural. A porção Py do nome do software refere-se ao fato de que ela se estende, e é extensível pela linguagem de programação Python.
OPÇÕES
Aqui vemos as letras A (action),S (show),
H (hide), L (label)e C (color).
A- Ações como: centralizar, remover moléculas de água, adicionar hidrogênios, deletar selecionados, etc.
S- Mostrar a estrutura em linhas, bastão e bola, cartoon, ou mostrar as moléculas orgânicas, etc.
H- Esconder na estrutura as moléculas de água, os hidrogênios, ou até mesmo uma parte selecionada, para melhor visualização.
L- Rotular elementos, sequências, resíduos, e todas as partes da estrutura.
C- Colorir um elemento, ou uma cadeia com diferentes cores, para ajudar na visualização geral.
JANELA DE COMADOS
Aqui podemos dar o comando imediatamente, como por exemplo, mostrar a cadeia, selecionar uma sequência pelo número do aminoácido, e comandos em geral.
REPRODUÇÃO
Para vermos a reprodução da simulação pelo tempo em que foi gerada ou indefinidamente.
JANELA DE VIZUALIZAÇÃO
Na tela preta ao fundo, está a janela de visualização, onde são exibidas as moléculas e suas simulações.