BIOINFORMÁTICA PRÁTICA EM MODELAGEM MOLECULAR
Hidrocarbonetos
O Avogadro permite carregar moléculas pré-fabricadas para nossa comodidade. Entre as muitas moléculas disponíveis estão os hidrocarbonetos. Vamos carregar algumas e observar suas estruturas.
Abra o programa Avogadro. Na barra de tarefas, clique em Build, Insert, Fragment. Surgirá uma nova janela.
Note que são exibidas diversas pastas com variados tipos de compostos orgânicos. Vamos começar inserindo um alcano.
Clique duas vezes sobre a pasta alkanes, selecione butane e clique em Insert. Surgirá na tela uma molécula de butano.
Note que a molécula surgirá selecionada. Feche a janela de Inserção, clique com o botão principal sobre a molécula e a arraste para a esquerda, para que possamos inserir outras sem que haja sobreposição. Você também poderá girá-la para enxergar melhor os átomos de carbono. Para tanto, selecione a ferramenta Selection Tool, clique com o botão auxiliar na parte negra da tela para desfazer a seleção, clique e segure com o botão principal sobre a molécula e gire no sentido que achar mais conveniente.
Para pensar:
1. O que torna essa molécula um hidrocarboneto?
2. Qual(is) o(s) tipo(s) de ligação(ões) existente(s)?
3. Por que essa molécula recebe o nome de butano?
4. Essa molécula é polar ou apolar? (Isso pode ser verificado selecionando a opção Dipole na caixa Display Types, observando se ocorre formação de vetor.)
5. Como essa cadeia pode ser classificada?
Agora vamos carregar uma molécula de but-1-eno, seguindo os mesmo passos anteriores, mas desta vez acessando a pasta alkenes, e selecionando but-1-ene.
Você também poderá arrastar essa molécula para a esquerda e girá-la como achar melhor.
Para pensar:
1. O que torna essa molécula um hidrocarboneto?
2. Qual(is) o(s) tipo(s) de ligação(ões) existente(s)?
3. Por que essa molécula recebe o nome de but-1-eno?
4. Essa molécula é polar ou apolar? (Isso pode ser verificado selecionando a opção Dipole na caixa Display Types, observando se ocorre formação de vetor.)
5. Como essa cadeia pode ser classificada?
Agora vamos carregar uma molécula de propino, seguindo os mesmo passos anteriores, mas desta vez acessando a pasta alkines, e selecionando propyne.
Para pensar:
1. O que torna essa molécula um hidrocarboneto?
2. Qual(is) o(s) tipo(s) de ligação(ões) existente(s)?
3. Por que essa molécula recebe o nome de propino? E por que, ao contrário da molécula but-1-eno, não ocorre numeração neste nome?
4. Essa molécula é polar ou apolar? (Isso pode ser verificado selecionando a opção Dipole na caixa Display Types, observando se ocorre formação de vetor.)
5. Como essa cadeia pode ser classificada?