BIOINFORMÁTICA PRÁTICA EM MODELAGEM MOLECULAR
Fragmentos de membrana
Agora que já observamos como íons e compostos orgânicos se comportam em água, podemos considerar essas propriedades em um fragmento que possui tanto uma parte polar quanto apolar nesse mesmo meio: um fragmento de membrana plasmática. Essa simulação nos ajudará a compreender como funciona o ambiente metabólico e a formação de micelas.
Para isso, iremos gerar um fragmento de membrana. Para tanto, usaremos o construtor de moléculas existente no VMD.
Abra o VMD. Na barra de tarefas, clique em Extensions, Modeling, Membrane Builder.
Obs: Certifique-se que isso está sendo feito em uma nova pasta, como de costume.
Surgirá uma nova janela para configurar o fragmento que será construído. O comprimento no eixo x e y será 20 para efeito de visualização. Serão criados arquivos pdb e psf da membrana. O output pode ser mantido como membrane se desejar.
Podemos alterar as configurações gráficas para melhorar a visualização. Para isso, na barra de ferramentas clique em Grafics, Representation.
Vamos primeiro selecionar os triglicérides que compõem a membrana plasmática. Na aba Selected Atoms, digite lipids e pressione enter. Altere sua configuração em Drwaing Method para VDW.
Agora vamos mudar a configuração da água. Selecione-a digitando water na aba Selected Atoms e clicando em Creat Rep, em seguida mude sua configuração para CPK.
É possível perceber que ao criar um fragmento da bicamada lipídica da membrana, o programa automaticamente criou uma camada de água em ambas as superfícies. Consegue explicar por que isso é coerente?
Por ser tratar apenas de um fragmento de membrana, sistema que em geral não ocorre no ambiente natural, não iremos gerar uma simulação com uma caixa d’água.